Sehubungan dengan pergantian nama sekolah dari nama SMA Negeri 1 Kisam Ilir menjadi UPT SMA Negeri 16 OKU Selatan, maka logo sekolahan pun salah satu yang juga berubah. Perubahan logo ini bukan hanya bermakna pergantian logo tetapi juga tetap mengandung makna. Sebetulnya perubahan logo ini tidak terlalu signifikan, bentuk dasarnya hampir sama, hanya saja ada pergantian beberapa elemen, diantaranya :
- Penghilangan simbol pelangi dan bintang besar, diganti dengan Obor dan pegunungan
- Penambahan kata UPT dan perubahan nama SMA Negeri 1 Kisam ilir menjadi SMA Negeri 16 OKU Selatan
- Penambahan kata Since 2012 yang menunjukkan bahwa SMA ini telah berdiri sejak 2012
- Penambahan warna biru langit di atas pegunungan
- Penambahan tiga bintang kecil di atas simbol pegunungan
Adapun makna dari logo tersebut secara keseluruhan adalah sebagai berikut :
- Perisai lima sudut Melambangkan lima sila Pancasila sebagai pandangan hidup berbangsa
- Tiga Bintang Mengandung makna, UPT SMA Negeri 16 OKU Selatan penuh dengan bintang-bintang prestasi
- Obor dan Buku Mengandung makna, UPT SMA Negeri 16 OKU Selatan merupakan wadah pendidikan yang bersemangat tinggi untuk menggapai cita-cita
- Lingkaran Emas Mengandung makna bahwa bagi UPT SMA Negeri 16 OKU Selatan, Pendidikan adalah sesuatu yang sangat berharga
- Gambar perbukitan hijau Mengandung makna, letak geografis UPT SMA 16 OKU Selatan yang dikelilingi bukit bukit yang alami Kabupaten OKU Selatan
- Gambar walet dan kopi Mengandung makna bahwa icon Kabupaten OKU Selatan adalah burung walet serta penghasilan utama masyarakat OKU Selatan utama adalah Kopi
- Bendera Merah Putih Mengandung makna bendera kebangsaan indonesia adalah simbol Nasionalisme yang merupakan bagian yang sangat penting bagi UPT SMAN 16 OKU Selatan dalam kehidupan sehari-hari.
- Motto : 3B (Beriman, Berilmu, Berakhlak) mengandung makna bahwa iman, ilmu dan akhlak harus selaras dan seimbang
Semoga perubahan logo ini tidak mengubah identitas sekolah dan menjadi kebanggaan bagi warga sekolah maupun Alumni sekolah ini pada khususnya, serta OKU Selatan pada umumnya.

